Марат Ахметжанов в прежние годы работал в органах полиции, прокуратуры и антикоррупционной службы.
По согласованию с депутатами маслихата Акмолинской области, акимом региона назначен экс-министр внутренних дел Марат Ахметжанов.
Стоит отметить, что на должность акима Акмолинской области руководителем Администрации президента Олжасом Бектеновым были представлены два кандидата - Марат Ахметжанов и аким Аршалынского района Мурат Балпан.
Путем открытого голосования акимом Акмолинской области был выбран Ахметжанов.
2001 г. - начальник Департамента по надзору за законностью в органах следствия и дознания генеральной прокуратуры.
2003-2006 гг. - прокурор Павлодарской области.
2006-2009 гг. - прокурор Южно-Казахстанской области.
2009-2012 гг. - председатель Комитета по правовой статистике и специальным учетам Генеральной прокуратуры.
2012 г. - заместитель председателя Агентства по борьбе с экономической и коррупционной преступностью.
2014-2016 гг. - руководитель Департамента по делам государственной службы и противодействию коррупции Атырауской области, руководитель Департамента Национального бюро по противодействию коррупции Атырауской области.
С 2 июня 2016 г. 16 апреля 2021 г. - заместитель генерального прокурора Республики Казахстан.
С 16 апреля 2021 г. - председатель Агентства по противодействию коррупции (Антикоррупционной службы).
25 февраля 2022 года был назначен министром внутренних дел.